Keberadaan Pendidikan Al Qur’an Nitikan Yogyakarta bermula dari rasa keprihatinan para pengurus Pengajian Anak-Anak RK Nitikan yang tergabung dalam Koordinator Pengajian Anak-anak (KPA) yaitu kondisi beberapa pengajian yang mulai sepi. Maka, Bapak Drs. H. Noor Wachid berinisiatif untuk mendirikan sebuah Taman Pendidikan Al Qur’an yang dikelola dengan baik dan profesional, dengan mengajak pengurus KPA dan Ikatan Guru TK ABA Nitikan.
Seiring dengan berdirinya TKA/TPA di Yogyakarta yang dipelopori oleh AMM Kotagede, dengan modal utama niat yang kuat akhirnya berdirilah Taman Kanak-Kanak Al Qur’an Nitikan (TKA Nitikan) pada tanggal 1 Februari 1990 M atau bertepatan dengan tanggal 5 Rajab 1410 H yang disahkan dengan SK PRM Nitikan Nomor: A.1/03/II/90, kemudian berganti nama menjadi Pendidikan Al Qur’an Nitikan (P.A.N) pada tanggal 27 Maret 2007.
Pendidikan Al Qur’an Nitikan tergabung dalam Badan Koordinasi TKA/TPA Propinsi DIY dengan Nomor Induk Unit: 017.14.A.1995. Pada tahun 1997 Pendidikan Al Qur’an Nitikan Yogyakarta mendapat sertifikasi sebagai TKA/TPA Type A berdasarkan SK Badan Koordinasi TKA/TPA Propinsi DIY Nomor: 039.E/II/BADKO-DIY/XII/1997.
